В ходе войны 1941—1945 годов политическое руководство СССР окончательно отказалось от планов скорейшего уничтожения религии и церкви и перешло к политике частичного возрождения религиозной жизни в стране под жёстким государственным контролем.
14 сентября 1943 года при СНК СССР был созданы Совет по делам русской православной церкви (СДРПЦ); 19 мая 1944 года — Совет по делам религиозных культов (СДРК)[37], на которые возлагались задачи осуществления взаимодействия между правительством и, соответственно, Московской Патриархией и «религиозными объединениями мусульманского, иудейского, буддийского вероисповеданий, армяно-григорианской, старообрядческой, грекокатолической, католической и лютеранской церквей и сектантских организаций». Советы должны были разрабатывать проекты соответствующих законодательных актов и постановлений правительства, наблюдать за исполнением законодательства о культах; Советы имели в республиках, областях и краях своих уполномоченных.